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通行费电子发票可以抵扣。
通行费发票指的是有关单位依法收取或依规定设立并收取的过路、过桥和过闸费用，当收取的费用是属于经营性质，就是应税项目，那么就需要开具发票，支付方也需要根据发票入账。
通行费发票抵扣就包括了道路通行费，桥、闸通行费两种。道路通行费是指纳税人按照收费公路通行费增值税电子普通发票上注明的增值税额抵扣进项税额。其发票的左上角标志有“通行费”的字样，并且在税率栏那里也有显示适用税率或征收率，那么在使用此发票抵扣时，就需要在增值税发票综合服务平台勾选抵扣确认，即可在收费时抵扣相应的进项税额。
桥、闸通行费是指纳税人支付的桥、闸通行费，暂凭取得的通行费发票上注明的收费金额计算可抵扣的进项税额。这种通行费发票是不需要向道路通行费那样到综合服务平台勾选确认的，直接根据票面的计算抵扣税额，其计算方式为桥、闸通行费可抵扣进项税额等于桥、闸通行费发票上注明的金额除以一加百分之五乘以百分之五。
通行费的电子发票具有两种其中有一种是可以抵扣的，凡是在发票的左上角标志通行费字样，并且在税率栏那里也有显示适用税率或征收率的通行费发票就可以抵扣，纳税人在拿到这种开头抵扣的通行费电子发票时，根据发票上注明的抵扣税额抵扣就可以了。
法律法规
《中华人民共和国增值税暂行条例》
第八条 纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产支付或者负担的增值税额，为进项税额。
下列进项税额准予从销项税额中抵扣：
（一）从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额。
（二）从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。
（三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算的进项税额，国务院另有规定的除外。进项税额计算公式：
进项税额等于买价乘以扣除率
（四）自境外单位或者个人购进劳务、服务、无形资产或者境内的不动产，从税务机关或者扣缴义务人取得的代扣代缴税款的完税凭证上注明的增值税额。
准予抵扣的项目和扣除率的调整，由国务院决定。
普通增值税发票可以抵扣的有哪些
法律分析：自2018年1月1日起，纳税人支付的道路通行费，按照收费公路通行费增值税电子普通发票上注明的增值税额抵扣进项税额。
法律依据：《财政部税务总局关于租入固定资产进项税额抵扣等增值税政策的通知》 一、自2018年1月1日起，纳税人租入固定资产、不动产，既用于一般计税方法计税项目，又用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的，其进项税额准予从销项税额中全额抵扣。
1、收费公路通行费电子普通发票
根据《交通运输部 财政部 国家税务总局 国家档案局古语收费公路通行费电子票据开具汇总等有关事项的公告》（交通运输部公告2020年第24号）文规定，通行费电子发票包括左上角标识"通行费"字样且税率栏次显示适用税率或征收率的通行费电子发票以及左上角无"通行费"字样，且税率栏次显示"不征税"的通行费电子发票。
对于左上角标识"通行费"字样且税率栏次显示适用税率或征收率的通行费电子发票按照发票上注明的税额抵扣增值税；左上角无"通行费"字样，且税率栏次显示"不征税"的通行费电子发票，不能抵扣进项税额。
客户采取充值方式预存通行费，可由ETC客户服务机构开具不征税发票，不可用于增值税进项抵扣。
2、国内旅客运输服务的增值税电子普通发票
根据《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部 书屋总局 海关总署公告2019年39号）文规定，纳税人购进国内旅客运输服务，其进项税额允许从销项税额中抵扣。纳税人未取得增值税专用发票，取得增值税电子普通发票的，按照发票上注明税额抵扣增值税。
比如企业员工出差期间，取得的网约车的电子普通发票，可以按照发票上注明的税额抵扣增值税，若取得的是网约车的纸质普通发票，则不得抵扣增值税。
3、农产品销售发票或农产品收购发票
一般情况下，发票开具是由收款方向付款方开具，但农产品收购发票是种特殊情况，由收购单位向个人支付款项时开具的。
农产品销售发票或农产品收购发票进项税额是需要计算的，一般情况下，纳税人企业从农民手中收购农产品，按照农产品收购发票或农产品销售发票上注明的金额乘以9%的扣除率计算，即进项税额=购买价款×9%；若企业购进农产品用于生产销售适用13%税率的产品，则可以加计1%扣除率，即总扣除率为10%。
需要注意，纳税人从小规模纳税人手中购进农产品，取得3%征收率的增值税专用发票的，并不按照专票上注明的税额抵扣增值税，而是按照发票上注明的金额和9%或10%扣除率计算抵扣进项税额。
4、机动车销售统一发票
销售机动车的单位和个人向消费者销售机动车的，应当通过增值税发票管理系统开具机动车销售统一发票，消费者作为一般纳税人购进机动车，可以凭借机动车销售统一发票上的注明的税额抵扣增值税。
一般纳税人购进二手车，取得的二手车销售统一发票，没有抵扣联，不得作为抵扣进项税额的凭证，为了维护购买方进项税额抵扣权益，从事二手车经销业务的纳税人除了可以按照规定开具二手车销售统一发票外，还可以向购买方开具征收率为0.5%的增值税专用发票。
5、桥闸通行费发票
桥闸通行费发票，按照发票上的票价计算抵扣进项税额，准予抵扣进项税额=票价÷（1+3%）×3%
6、注明旅客身份信息的公路、水路等其他客票
企业员工出差期间乘坐公路、水路等取得的注明旅客身份信息的运输发票，按照票价计算抵扣进项税额，准予抵扣的进项税额=票价÷（1+3%）×3%
7、航空运输电子客票行程单
纳税人购进国内旅客运输服务，取得的注明旅客身份信息的航空电子客票行程单可以作为抵扣增值税的凭证，准予抵扣的进项税额=（票价+燃油费）÷（1+9%）×9%，民航发展基金属于政府性基金，不属于增值税应税项目，不得计算抵扣对应的金额。
8、火车票
纳税人购进国内旅客运输服务，取得的注明旅客身份信息的铁路车票，可以作为抵扣增值税的有效凭证，进项税额=票价÷（1+9%）×9%
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